米非司酮副作用有恶心、乏力、下腹痛、头晕、乳房胀、头痛、呕吐等，但发生率比较低，症状也轻微，一般无需处理。另外，可能出现心血管系统的问题，如高血压、外周水肿，内分泌系统和代谢可能出现低血钾，还可能出现食欲下降、腹泻等。
严重的不良反应可能有心血管系统出现QT间期延长，血液系统因为阴道流血多出现贫血，免疫系统可能出现超敏反应，生殖系统出现异常阴道流血、异位妊娠破裂、子宫破裂。其他严重反应可能出现细菌感染、败血症、中毒性休克综合征，以及与流产相关的梭状芽孢杆菌感染。米非司酮缺乏老年患者用药的安全性、有效性研究资料，米非司酮以单日剂量服用，并且要随餐服用，严禁分裂、挤压或咀嚼药片。