肝内胆管结石大多数是胆色素结石，因此口服熊去氧胆酸这一类的药物是没有效果的，中药也没有很好的效果。对于肝内胆管结石如果没有临床症状也没有相应胆管的狭窄扩张和所属肝脏的萎缩，这种情况下也可以定期彩超随访观察，无需口服任何类药物。如果肝内胆管结石出现了反复发作的胆管炎造成了远端胆管扩张和近端胆管的狭窄，相应肝组织也出现了相应的病变。这种情况下还是应当考虑及时进行手术处理，以免长期反复发作引起化脓性的肝脓肿以及原发性的肝癌。首选腹腔镜下病变组织切除术，必要时还通过肝脏切除的断面进入胆道镜行取石手术。而对于静止性的结石必要时还可以行经脾肝穿刺胆道镜取石，这种处理的方法目前是作为微创恢复最快，效果也很好。而对于肝内胆管结石合并有胆总管结石的患者还可以行一期胆总管切开取石，经胆总管置入胆道镜行肝内胆管取石的治疗方案。