如果肝内胆管结石直径较小没有临床症状，这种情况下可以给予定期彩超随访观察，也不需要手术进行干预处理。如果肝内胆管结石直径较大合并有胆管扩张，这种情况下首先推荐超声定位下经皮肝穿刺胆道镜取石，尤其适用于老年的患者。这种处理的手术方式微创口小，恢复快。而对于肝内胆管结石反复引起胆管炎造成所属胆管的狭窄和周围肝组织的萎缩。这种情况下还应当手术切除病灶，如腹腔镜下肝叶或者肝段规则性的肝切除术，必要时还可以通过肝脏的断面行胆道镜取石。如果肝内胆管结石合并存在胆总管结石还可以一起行腹腔镜下胆总管切开取石，经胆道镜进入相应的肝内胆管取石治疗。