对于肝内胆管结石的处理还需要根据结石的大小所处胆管的位置，周围有无相应的病变以及患者的临床症状而综合考虑。如果肝内胆管结石较小，没有引起胆管的狭窄和胆管的扩张，周围肝组织也是正常的。这种情况可以给予定期彩超随访观察，无需处理。如果肝内胆管结石反复引起胆管炎，临床上出现右上腹疼痛、寒战高热甚至黄疸，进一步检查可以见相应胆管的狭窄和远端胆管的扩张，相应所属肝组织的萎缩，这种情况下还应当考虑积极的手术治疗。如果出现胆道的狭窄和肝脏的萎缩还是建议行手术切除病灶，首选腹腔镜下手术切除。而对于单纯的胆管扩张合并肝内胆管结石，可以通过经脾肝穿刺，胆道镜取石的方法来达到治疗的目的。对于肝内胆管结石反复发作疑似有胆以及肝脏癌变的患者，还应当做手术性根治性的切除。