肛周脓肿的患者绝大多数都要采取手术方式进行治疗。肛周脓肿的患者在进行肛周脓肿手术过程中因为有麻药的作用，感受不到疼痛。但在手术以后，麻醉药效果消失之后，疼痛就会逐渐出现。
一般情况下患者不需要过度担心、过度紧张。如果术后疼痛会打止痛针，也有部分患者会安装止痛泵，而且肛周脓肿术后的疼痛，绝大多数患者都能耐受。肛周脓肿术后的疼痛感觉因人而异，不同患者对疼痛的敏感度也不一样，可能有的患者觉得肛周脓肿、疼痛难以忍受。这种情况下，患者可以在医生指导下配合使用止痛药物，或者打止痛针来缓解疼痛。此外，肛周脓肿患者在进行手术时，往往是通过侧面切口将脓肿引出，术后需要每天换药，在换药的时候会有伤口的接触，可能会引起疼痛。一般疼痛可能持续10天到半个月左右，随后疼痛会逐渐消失。
肛周脓肿的患者在手术后3天内尽量避免排便，这样有利于肛周脓肿手术后愈合，排便过后或者更换敷料前用温水坐浴，防止感染，肛周脓肿术后在睡觉时避免压到患处。