慢性肾功能衰竭最主要的病因是慢性肾炎，慢性肾炎患者长期蛋白尿造成肾功能损害，引起肾小球硬化及间质纤维化，从而导致慢性肾功能衰竭，甚至尿毒症。同时各种继发性肾病，如高血压肾病或糖尿病肾病等，也会引起慢性肾脏功能受损、肾小球滤过率下降，毒素进入血液中，引起慢性肾功能衰竭。同时泌尿系统先天畸形，如肾发育不良、先天性多囊肾、膀胱输尿管反流等，或遗传性肾脏病，如遗传性肾炎、肾髓质囊性病等，会引起肾小动脉硬化、高血压等各种并发症，这种情况会引起肾脏血流灌注不足，导致肾脏排毒功能下降，长期受损会引起肾功能衰竭等情况。
在一些发达的国家，前三位的引起肾衰的原因是糖尿病肾病、慢性肾炎、高血压肾损害，而在而在我国慢性肾炎是第一位的原因。慢性肾功能衰竭需要早期治疗，可以延缓肾功能恶化。