斜视手术是外眼手术，手术风险相对较小，但是在术中以及术后会形成一定的并发症，例如麻醉意外，虽然眼睛斜视手术是以局麻为主，但是患者可能会因为心理的恐惧、紧张过度、药物过敏等因素而出现风险，尤其是儿童，可能需要全身麻醉，否则有可能发生意外情况。
另外在手术过程当中，可以形成眼球壁的损伤，在缝合或者截除眼外肌中可以造成巩膜壁的穿孔，以及在术中造成眼内感染，在缝合眼外肌时出现滑脱等情况，在术中还可能出现眼心反射、术中出血，以及术后出现眼睛前部缺血、角膜上皮剥脱，甚至形成粘连综合征，术后出现复视、欠矫、过矫等都会有一定的风险。