针对于肺曲菌病，曲菌球对抗真菌的药物治疗通常是没有效果的，应该及早地手术治疗。而对于变态反应性的支气管、肺曲菌病患者，经过抗真菌药物的治疗对支气管内曲菌有一定的疗效，但是容易复发，皮质类固醇是目前治疗这个疾病的最有效的药物，可以抑制变态反应的发生，减少痰液，不利于曲菌的种植。比如可以口服强的松有助于肺浸润的吸收，也可以联用两性霉素B，常用氟美松和两性霉素B加入生理盐水中雾化吸入治疗。对于顽固性的患者可以做支气管镜的冲洗，吸出分泌物，保持呼吸道的通畅，提高药物的疗效。一般选择的药物治疗，要注意肝肾功能，定期复查，防止药物的副作用，定期复诊随时调整治疗方案。