在过去的15年当中，随着肺移植技术、供体的保存和围手术期处理的逐步成熟，肺移植的一年的生存率，从过去的70%可以提高到现在的85%。但是远期的生存率没有显著的提高，这也提示了肺移植所面临的主要问题是受体和供体生物学不相容性。
在移植后的第一年里死亡的原因主要是感染，受体对于细菌、真菌、病毒以及原虫存在感染的高风险。急性感染在移植一年之后相对是比较少见的，移植一年之后的主要死亡原因就是共同存在的慢性排异、感染和其他的并发症。