非诺贝特的副作用主要有以下几个方面：
第一、非诺贝特作为氯贝丁酸衍生物，有可能导致肌炎、肌病和横纹肌溶解综合征。可以导致血清中肌酸肌酶水平升高，发生横纹肌溶解。主要表现为肌痛合并血肌酸肌酶水平升高、肌红蛋白尿病，可以导致肾衰，但是较为罕见，在肾病综合征或者是甲亢的患者中发生疾病的危险性增加。
第二、胃肠道反应，主要包括腹部不适、腹泻、便秘。
第三、神经系统的不良反应。主要包括乏力、头痛、阳痿、眩晕、失眠。
第四、非诺贝特还可以出现少见的血转氨酶水平升高。