巧克力囊肿一旦出现，要根据其肿物的大小以及患者的年龄等，选择治疗方式，具体如下：
1、如果是小的囊肿约2-3cm，病人症状不明显，可以选择保守治疗。如果符合用避孕药的年龄和适应证，可以选用口服避孕药来进行治疗，也可以试着怀孕或者观察。
2、如果囊肿比较大，已经造成了不孕，就需要手术治疗。常常发现巧克力囊肿是不孕患者比较多见，需要进行腹腔镜治疗，进行肿物的剥除、盆腔粘连的松解、盆腔内异灶的去除。同时，根据囊肿的情况以及病变的分期，来选择术后是否加用辅助治疗。
3、如果患者年龄比较大，病变侵犯的范围也比较大，可以选择附件的切除或者子宫加附件的切除，这样可以减少复发。
4、如果巧克力囊肿怀疑恶变，就需要将切除的部分送冰冻检查。如果确系恶变，就要按卵巢癌来进行治疗。