反流性食管炎常用的药物治疗有：
抑酸剂，目前认为减少食管黏膜暴露酸性环境的时间，可减轻食管黏膜损害。应用抑酸剂是治疗的重要手段，可应用H2受体拮抗剂，如西咪替丁、雷尼替丁等。质子泵抑制剂，如奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑，抑酸强大，能够加速食管炎愈合及迅速改善反流症状。
有时需要和用促动力剂。反流性食管炎是上胃肠动力性疾病，应用促动力剂与西沙比利、莫沙必利、多潘立酮等，多于饭前15-30分钟服用。
黏膜保护剂，如硫糖铝、铝碳酸镁等，能够中和胃酸和吸附胆汁，保护黏膜免受胃酸和胆汁的侵袭。