反流性食管炎的疗程相对比较长，一般需要6-8周，甚至更长的时间。
尤其是胃和食管的反流，会有胸骨后的灼热感，本身食管的黏膜不能够使药物停留的时间太长，所以药物只是一过性的从食管内走，即使胃黏膜保护剂对于食管反流作用很微弱，但是也要用。
其次，加强胃动力的药物，尽量让食物在胃内的时间适当减少，从而减少反流的形成。最后，和胃、食管的压力有关，所以进食后尽量不要平卧或者俯卧，由于不当的体位也会使反流加重。因此，其疗程比一般的胃肠道疾病都要长，需要6-8周，甚至是12周左右。