引起食道癌的病因有很多因素，目前尚不完全清楚，大体有以下六类：
第一类亚硝胺类化合物和真菌毒素：第一、亚硝胺，亚硝胺是被公认的化学致癌物，在食道癌高发区的粮食和饮水中，其含量显着增高，且与当地食管癌和食管上皮重度增生的患病率呈正相关。
第二、真菌毒素的致癌作用，各种霉变食物能产生致癌物质，如镰刀菌、黄曲霉菌和黑曲霉菌等真菌，不但能还原硝酸盐为亚硝酸盐，并能增加二级胺的含量，促进亚硝酸的合成；第二类饮食刺激与食管慢性刺激，一般认为食物粗糙、进食过烫造成对食管黏膜的慢性理化刺激，可致局限性或弥漫性上皮增生，形成食管癌的癌前病变；
第三类营养因素，饮食缺乏动物蛋白，新鲜的蔬菜和水果，摄入的维生素缺乏是食管癌的危险因素；
第四类遗传因素，食管癌的发病常表现家族性聚集现象；
第五类癌基因，环境和遗传等多因素引起食管癌的发生，其涉及到分子生物学基础，目前认为是癌基因激活或抑癌基因失活的基因变化所致；第六类人乳头状病毒，一些研究发现食管上皮增生与乳头状病毒感染有关。