幽门螺杆菌的检测方法大体上可以分为有创检查和无创检查，有创检查主要是通过胃镜检查取胃黏膜组织进行活检，包括快速尿素酶试验、幽门螺杆菌培养和组织学检查。快速尿素酶试验操作简便、费用低，是有创检查首选的方法。组织学检查可直接观察幽门螺杆菌与快速尿激酶结合，可以提高诊断的准确性。
无创检查通常是碳13、碳14尿素呼气试验，检测幽门螺杆菌敏感性及特异性高，它不需要进行胃镜检查，可以作为根除治疗后复查的一种手法。大多数人都是在体检采血化验的过程中发现有幽门螺杆菌感染，并且通过一段时间的治疗，再去医院进行吹气检查，根据检测结果看是否治愈。