乳腺癌内分泌治疗的副作用有多方面。乳腺癌内分泌治疗的药物有很多种，最重要的药物是他莫昔芬，也就是临床上比较常用的三苯氧胺。副作用表现为潮热、胃肠道症状，如恶心、呕吐、腹胀、纳差，出现静脉血栓、下肢静脉血栓形成、眼部副作用、阴道干燥或者分泌物增多。芳香化酶抑制剂的副作用表现比三苯氧胺轻。其他内分泌药物与三苯氧胺的副作用大同小异。