巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位到卵巢上的一种表现。治疗卵巢巧克力囊肿，可以选择药物治疗或者是手术治疗，药物治疗适用于有慢性盆腔痛，经期痛症状明显，并且有生育要求较大的卵巢囊肿患者。另外，如果卵巢囊肿体积巨大，并且没有生育要求，可以做手术治疗。药物治疗一般可以选择口服避孕药、口服孕激素或者是孕激素受体拮抗剂，比如米非司酮等等。另外，还可以选择孕三烯酮、达那唑、促性腺激素，释放激素激动剂等等。手术治疗可以根据患者的年龄，有无生育要求而选择是否功保留生育能。