甲状腺功能减退症主要由自身免疫性甲状腺炎、缺碘、碘131治疗或手术治疗等导致，早期预防可以减少患病率。首先，缺碘地区人们应该食用含碘盐，并且加强临床治疗，可以使甲状腺功能减退症的发病率明显降低。
其次，服用抗甲状腺药物所致的甲状腺功能减退症要及时监测甲状腺功能并调整治疗药物的剂量。
最后，大力推广备孕妇女、孕妇以及新生儿甲状腺功能筛查，对降低胎儿、新生儿先天性甲状腺功能减退症的发病率也非常有利。