单纯的阴道菌群失调不用治疗，会自行恢复。当然也可以给予乳酸菌阴道胶囊外用，有一定的帮助。单纯的菌群失调没有临床症状，常常是白带分泌物检测偶然发现，这种情况不需要治疗。
如果菌群失调继发阴道炎，要给予相应的特异治疗，阴道炎是无法自行恢复的。对于白带增多、白带异味或者外阴瘙痒等临床症状，要取白带分泌物送检明确是否有阴道炎，并且根据阴道炎的类型给予相应的特异治疗。如果没有白带增多、异味等临床症状，单纯的菌群失调是不需要治疗的，多半可以自行恢复。