做肠镜时一般提前4-6小时喝清肠药，同时饮水大约2000mL，分次喝完，大约需要1-2小时并来回走动，排净大便，服药以后就禁食、禁水直到做肠镜为止。如果继续饮水，肠道中的液体太多会影响镜子观察的视野。
另外，在做肠镜检查前两天要注意清淡、少渣饮食，不要吃青菜和水果，也要不吃红色或多籽食物，如西瓜、西红柿、猕猴桃等。检查前一天午餐、晚餐应吃少渣、半流质食物，如稀饭、面条，以免影响肠镜观察。