脑炎、脑萎缩的治疗，首先要积极治疗引起脑炎的病因。抗病毒治疗、抗感染治疗，还有自身免疫性脑炎的免疫球蛋白、血浆置换和给予激素的治疗，去除病因以后给予营养神经的药物，神经节苷脂、鼠神经生长因子、脑蛋白水解物，进行改善大脑修复，促进大脑的功能恢复。
另外，还要给予康复的训练，主要通过针对病因的治疗、对症治疗，避免发生严重的后果和并发症。给予营养神经的药物来促进神经修复，增加功能锻炼而形成新的神经环路，替代因为神经损伤而造成的功能障碍。