强直性脊柱炎的病因不明，从流行病学调查发现，基因和环境因素对于强直性脊柱炎的发病发挥了重要的作用，已经证实强直性脊柱炎的发病和HLA-B27密切相关，并有明显的家族发病倾向。正常人群的HLA-B27阳性率，因种族和地区不同差别很大，如欧洲的白种人为4%到13%，我国为2%到7%。强直性脊柱炎的HLA-B27阳性率在我国高达91%。另有资料显示，强直性脊柱炎的患病率在普通人群中为0.1%，在强直性脊柱炎患者的家族中为4%，在HLA-B27阳性的强直性脊柱炎患者的一级亲属中，高达11%到25%的患病率。这提示HLA-B27阳性或者有强直性脊柱炎家族史者，患强直性脊柱炎的危险性增加。但是大约有80%的HLA-B27阳性者并不发生强直性脊柱炎，大约有10%的强直性脊柱炎患者为HLA-B27阴性，这提示还有其他因素参与发病，如肠道细菌及肠道炎症。