一般藿香正气水主要采取的是乙醇渗漉法和水煎煮法制取，所以藿香正气水的制剂中往往含有乙醇，藿香正气口服液在生产工艺方面有所提高，采用了水回流蒸馏法和水煎煮法，它的浸出制剂中不含乙醇，性味辛、微甜，二者药效类似。相比藿香正气水药性更为峻猛，口感、刺激感强，而藿香正气口服液不含酒精，口感较好，药效更为柔和。藿香正气水和藿香正气口服液具有相似的名字，从成分上来说，成分都有苍术、陈皮、厚朴、茯苓、大腹皮、半夏、甘草、白芷、藿香、紫苏叶等等，都具有解表化湿、理气和中的作用。但是在临床使用的时候略有区别，酒精过敏的人群优选藿香正气口服液。