肛瘘手术因为局部伤口缺损面积比较大，所以会出现不同程度的大便漏出或者大便擦不干净的现象。
肛瘘手术恢复时间的长短因手术大小、复杂程度，还有个人的体质情况而有所不同。如果是单纯的低位，做完肛瘘在3周-3个月左右就不会漏大便了。如果肛瘘的位置比较深或者局部伤口的面积比较大，在手术之后可能要3-4个月的时间，术后漏粪便的现象才会有所缓解。
在每次排便后需要注意用清水或者淡盐水清洗肛门，患者需要注意饮食清淡，应选择有营养、易消化的食物，多喝水，多吃青菜，保持大便通畅，防止出现便秘。