上颌窦囊肿通常采用手术治疗，药物治疗对于上颌窦囊肿作用较小。一般不单独采用，而是在囊肿发生感染时使用抗生素抑制脓囊肿，或者在术后使用抗生素以防止手术伤口发生感染。
一、药物治疗
药物治疗对于上颌窦囊肿作用较小，一般不单独采用药物治疗上颌窦囊肿。而是在囊肿发生感染时使用抗生素抑制脓囊肿，或者在术后使用抗生素以防止手术伤口发生感染。常用的抗生素有阿莫西林、头孢拉定、罗红霉素、庆大霉素等。
二、手术治疗
1、柯陆氏手术：俗称上颌窦根治术，通过使用电钻或骨凿将上颌窦前壁打开，从而清除上颌窦内的病变组织。同时行下鼻道造孔，达到引流的目的。柯陆氏手术是治疗上颌窦囊肿的经典手术，凡是上颌窦腔内发生病变的患者均可采用。但是柯陆氏手术也有一些缺点，如术野范围大、术后易发生面部肿胀、牙麻、牙痛等，因此现在上颌窦囊肿多采用鼻内窥镜手术。但柯陆氏手术在治疗上颌窦病变中仍有一定意义，一些病变如上颌窦骨化纤维瘤仍优先选择该手术。
2、鼻内窥镜手术：在鼻内窥镜照明下进行微创手术，目前已发展出多种手术路径。包括经上颌窦自然窦口入路、上颌窦前壁开窗、下鼻道开窗、内镜辅助下经下鼻道黏膜瓣开窗、内镜辅助下尖牙窝穿刺法。一般医生会根据上颌窦囊肿位置类型及伴有的疾病不同，选择不同的路径进行手术。鼻内窥镜手术创面小，能够保留鼻腔及鼻窦内的正常组织，同时清除病变组织，造成的损伤小，能够减少手术并发症，还能同时处理其他鼻部病变。因此成为上颌窦囊肿的主要治疗方法，一般上颌窦囊肿患者均采用此法治疗。