坐飞机的时候耳鸣、耳痛是因为咽鼓管的功能受到影响，咽鼓管肿胀、发炎或者咽鼓管的咽口堵塞等原因，影响到咽鼓管的功能引起的症状。
在飞机飞行过程中间，尤其在起飞或者降落的过程中，随着飞机高度的不同，中耳和外界压力的平衡会发生变化，需要通过咽鼓管开放来调节中耳压力，保持和外界压力的平衡。
如果有急性鼻炎、过敏性鼻炎急性发作期或者咽鼓管咽口堵塞的情况，咽鼓管打开则调节中耳压力的功能就会受到影响，就会出现耳膜明显的塌陷，或者耳膜往外鼓胀导致耳鸣、耳痛的情况。