眼部长扁平疣，治疗的方法多种多样，常用的方法主要有以下几种：
1、药物治疗：可以外用药配合口服药进行治疗，常用的外用药物有维A酸类的药物，加上抗病毒的药物，比如维A酸乳膏加上尤靖安进行治疗，通常需要使用1-3个月会有比较明显的效果；还可以配合口服增强抵抗力的药物，比如脾氨肽口服冻干粉或胸腺肽肠溶片等，选择其中一种治疗即可，这是一种辅助的治疗措施。
2、激光治疗：比如可以做二氧化碳激光或者是点阵激光，通常可以用麻药，比如可以外用复方利多卡因乳膏局部外敷，比较大的疣体可用盐酸利多卡因注射液进行局部浸润麻醉，等麻醉起效后可以将疣体用二氧化碳激光或者是点阵激光逐个烧除，烧除之后通常需要3-5天恢复，皮疹干涸结痂之后就可以见水，完全恢复需要半个月左右，这期间不影响生活。
3、冷冻治疗：用-196℃的液氮使局部疣体坏死、脱落、冷冻，从而达到治疗的效果，但是冷冻治疗通常需要做多次。