肥厚型心肌病的治疗主要是为了改善症状，减少并发症，预防猝死。药物主要应用β受体阻断剂，比如美托洛尔、比索洛尔等药物。另外，可以应用非二氢吡啶类钙拮抗剂，比如盐酸地尔硫䓬等。
如果患者有房颤，还要给予抗凝治疗。另外，合并心衰的患者还要给予抗心衰治疗，一般包括利尿剂、强心剂、ACEI和ARB类等药物。在药物治疗效果欠佳时，可以考虑手术治疗，一般包括室间隔切除术、酒精室间隔消融术，以及通过起搏器减轻左心室流出道梗阻的治疗。