鼠伤寒沙门氏菌感染的临床表现多样，根据临床特点可分为四型，分别是胃肠炎型、伤寒型、败血症型和内脏损害型。免疫功能正常者表现为胃肠炎型，免疫功能不全者以败血症型和混合型多见，其中最典型的是胃肠炎型，潜伏期多为2-24小时。起病大多急骤，患者畏寒、发热，伴有恶心、呕吐、乏力、全身酸痛。数小时或数天后出现腹痛、腹泻，每日腹泻数次至数十次。
大便多呈糊状或稀水样，婴儿多为黄绿色黏液便或黄色稀便，有不消化的蛋花样奶块，个别患者可出现黏液血便。大部分患者有不同程度的腹痛，偶尔可有腹部绞痛，少数患者伴有里急后重。由于剧烈的吐、泻，重者可有脱水、酸中毒和休克。婴幼儿常发生高热、惊厥、昏迷、少尿或无尿，粪便镜检见较多的白细胞、红细胞，并可见吞噬细胞。病程持续数日多在一周内缓解，少数患者临床症状可迁延不愈，持续数周至数月。