矫牙有一定疼痛，牙列严重拥挤或上颌前突时，需要拔除智齿及双尖牙，获得矫治间隙。拔牙创伤会造成明显的疼痛，特别是拔除埋伏阻生智齿时，可以引起颌面部的持续肿胀、疼痛，能够维持5-7天。
患者佩戴固定矫治器时，金属或陶瓷边缘容易摩擦、刺激软组织，形成创伤性溃疡，造成肿痛。矫治力施加到牙冠，传导到牙根时，会造成牙齿酸胀，不敢咀嚼，只能以流质或半流质食物为主，上下牙齿明显歪斜，形成反(牙合)或锁(牙合)时。需要在唇颊侧牙槽骨皮质内植入支抗钉，增大支抗力量，也会产生短期的疼痛。发生骨性错(牙合)畸形时，需要配合进行正颌外科手术，磨除过多的牙槽骨，产生长期的疼痛。下颌骨过度伸长时，可以沿下颌升支前缘截断下颌骨，采取钛板、钢钉等固定断面，能够持续肿胀1-2个月。疼痛难忍时，可以服用止疼药物。牙列稀疏或轻度拥挤时，产生的疼痛比较轻微，患者可以忍受。隐形矫治器的边缘过长，摩擦及刺激黏膜，形成红肿时，可以喷涂金喉健等药物，加快愈合。