头孢克肟和头孢丙烯都是头孢菌素类抗生素，都是口服制剂，区别如下：
1、头孢克肟是第三代头孢菌素，头孢丙烯是第二代头孢菌素，两者在抗菌谱上有一定差别，头孢丙烯对革兰氏阳性菌作用较强，对革兰氏阴性菌作用较差，仅对少数的革兰氏阴性菌有作用。头孢克肟对革兰氏阴性菌的作用强大，对革兰氏阳性菌的作用不如头孢丙烯；
2、临床上头孢丙烯通常用于治疗上、下呼吸道感染及皮肤软组织感染，头孢克肟通常用于胆道感染、泌尿生殖道感染以及猩红热、中耳炎、鼻窦炎等。
两种药物都属于处方药，必须在医生的指导下，根据细菌种类不同选择性应用。另外，在使用过程中患者的不良反应发生率都很低，大多数感染者服用后不会有任何不适。少部分人可能会出现短暂而轻微的胃肠道症状和过敏反应，要注意监控反应。