生化妊娠对身体没有太多的不良影响，类似于一次月经来潮的出血量和持续时间。如果反复出现这种情况，也需要进行相关原因的排查，比如检测夫妻双方染色体，以及拷贝数变异检测，可以对夫妻双方基本的遗传方面物质检查做到位。
如果有妊娠计划的，也需要做其它内分泌系统的检查，比如甲状腺功能、糖尿病问题，以及抗磷脂综合征等，这些免疫系统疾病的存在也可能会影响到生化妊娠，或者其他类型的流产现象。