线粒体脑疾病没有特效药物可以治愈，但是需要通过多学科的联合管理。治疗原则以药物饮食调整和运动管理等改善或者纠正不正常的病理和生理过程，及时治疗各个系统损害以及预防各种并发症，通过积极对症治疗可以改善症状。
还有一部分要通过饮食的调整，运动的管理，药物支持治疗和症状的改善特别重要。需要培训患者的亲属、照料者掌握如何护理，避免发生陆川、尿路感染，还有深静脉血栓、肺动脉栓塞的并发症。对症治疗对很多线粒体脑疾病患者有一定效果，特别是对一些急性发作期的病人。