急性扁桃体炎要根据病因来治疗，病因分为细菌感染、病毒感染、理化因素刺激。理化因素刺激包括高温、粉尘、烟雾、化学气体刺激等，这些原因引起的急性扁桃体炎，病因去除之后症状就会明显缓解，可以结合中成药物治疗，以及雾化吸入治疗。
细菌感染引起的急性扁桃体炎，以球菌类的为主，链球菌更常见，敏感的抗生素是青霉素，可以用青霉素类的消炎药，口服或者静脉输液，同时结合雾化吸入治疗，以及用含片、喷剂，或者中成药治疗。病毒感染引起的急性扁桃体炎，可以雾化吸入治疗，或者用含片、喷剂。如果症状严重，可以口服或者静脉应用抗病毒的药物。