发生扁桃体炎时，扁桃体本身可以导致化脓性感染，主要是由于炎症侵及扁桃体实质，而隐窝内充满了由脱落上皮脓细胞、细菌等组成的渗出物，并且通过隐窝口排出而引起的一种临床表现，可以在扁桃体表面或隐窝内发现黄色的脓点。
抗生素的应用是这类疾病的最主要治疗方法，青霉素或头孢菌素类作为首选，根据病情轻重决定不同给药方式。如果治疗2-3天后，病情并没有明显的好转或者高热不退，应该分析原因，改用其他种类的抗生素。
最好能够将脓液送细菌培养和药敏试验，明确感染的细菌类型，选择最敏感的药物，酌情应用糖皮质激素，有利于控制感染，减轻局部的肿胀，促进病情的恢复。