畸胎瘤有时会有复发，常常复发在对侧卵巢，偶尔也有在同侧卵巢复发者。复发之后一般还是成熟畸胎瘤，还是良性肿瘤，很少会有畸胎瘤复发后为恶性肿瘤者，所以不必过于担心。
对于畸胎瘤复发，首选再次手术治疗，手术是可以治愈的。当然偶尔情况下畸胎瘤术后卵巢又长出新的肿瘤，为卵巢癌，表现为囊实性包块，与畸胎瘤B超等影像学检查完全不同。
对于畸胎瘤术后，如果盆腔包块可疑为卵巢恶性肿瘤，需要按卵巢癌手术治疗。