有很多药物都可以治疗脑植物神经紊乱，这是一种功能性的疾病，临床上主要采取以药物治疗为主的综合治疗方法。在药物治疗方面，如果症状比较轻，可以用比较温和的药物，比如谷维素、维生素B1，或者具有安神、稳定情绪方面的中成药，比如安神补脑液、九味镇心颗粒、逍遥丸、乌灵胶囊等等都可以选用。
如果症状比较明显，就需要选用抗焦虑或者抗抑郁的药物，临床上常用的有西酞普兰、盐酸帕罗西汀、盐酸舍曲林、盐酸度洛西汀、盐酸文拉法辛、米氮平、每素玉等等，具体选用哪一种药物更合适需要咨询心理科或者神经内科的医生。脑植物神经紊乱的病人还常常伴有睡眠不好、失眠的症状，可以在睡眠之前半小时左右服用苯二氮卓类的，或者非苯二氮卓类的助眠药，包括艾司唑仑、氯硝西泮、佐匹克隆、酒石酸唑吡坦等等。除了药物治疗之外，还要结合心理治疗以及培养良好的生活习惯。