一旦在术前怀疑患者有卵巢交界性黏液性囊腺瘤，应该进行手术治疗。手术的方法有多种多样，年轻的患者可以切除一侧附件，同时要观察对侧，以及全身的情况，特别是要了解有无盆腔淋巴结的转移。如果是年龄比较大的女性，无需保留生育功能时，可以进行子宫双附件的切除。
同时，进行阑尾以及盆腔、淋巴结的清扫。大网膜的清除也就是做手术分期，这类的患者由于术前检查和实际的检查可能有一定的出入，所以手术分期是十分必要的。
至于交界性的黏液性囊腺瘤究竟是采用开腹手术还是腹腔镜手术，要看肿物的大小。如果肿物过大，最好开腹手术，因为黏液性的肿瘤如果种植，可以造成腹膜黏液瘤，这种情况非常讨厌容易复发，而且难以处理。