舌咽神经痛最主要的鉴别疾病就是咽喉部的炎症，比方急性的咽炎发作、急性的扁桃体炎、咽后壁脓肿，淋巴炎等等。舌咽神经痛是一种神经痛，具备了神经痛的特征，为发作性的闪电样的疼痛。疼痛的性质常常会是撕裂、刀割、针刺、电麻、烧灼一样的感觉，所以它是区别于其它炎症的。其它炎症会是肿痛，持续性的一直在痛或者是隐痛，或者是伴有吞咽动作时加重的疼痛，常常还伴有其它严重的表现，比如咳嗽、咳痰、发烧等。