舌咽神经痛在疼痛发作剧烈的时候，可以将10%的可卡因涂于患侧的口咽部，这种方法可以使疼痛缓解数小时。口服药物治疗可应用原发性的三叉神经痛的药物，比如卡马西平、苯妥英钠、加巴喷丁、普瑞巴林等。内科治疗无效时就要行手术治疗。手术是经颅内切断病侧舌咽神经及迷走神经的最近端的几根根丝，可以永久的终止疼痛的发作。如果手术当中发现有血管压迫舌咽神经，也会做解除压迫来治疗舌咽神经痛。