小儿脑脓肿不容易治愈，脑脓肿的预后还和不同的个体因素有关，儿童患者较成人预后差，机体的免疫功能低下，预后就更差，多发的或多房性的囊肿以及脑深部或重要功能区的囊肿，预后将会更差。近年来显微手术及高效抗生素的应用，使脑脓肿的死亡率已经降到5%以下，但治疗后患者的生存质量存在许多问题，27%的患者可遗留有癫痫发作，以确诊后4-5年发作最频繁，穿刺抽气治疗以后，脓肿切除术的癫痫发生率较低，但脓肿引起的癫痫容易药物控制，因此脓肿治疗后无论有无癫痫发作，均应预防服用抗癫痫药物1-2年。
另外，45%的患者在遗留有不同程度的神经功能障碍，如偏瘫失语、认知功能障碍及脑积水。脑脓肿治疗后还易复发，复发的原因除了手术切除不彻底，有残留的脓腔和未发现的小囊肿继续增大以外，还因为手术脓肿破溃、脓液外溢导致感染播散，形成新的脓肿，原发灶未彻底治愈导致再发性感染也是复发的常见原因。
所以，脑脓肿的预后，还和不同的个体因素相关，儿童患者预后较成人差，机体免疫功能低下者预后更差，多发的或单房的脓肿以及脑深部或重要功能区的囊肿预后将更差，所以是不可能完全治愈的。