巧克力囊肿有可能被彻底根治。因为巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种临床表现，需要做手术治疗，术后需要继续用达菲林治疗，或者在宫内上曼月乐环继续治疗，主要是预防复发。由于巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，随着子宫内膜周期性的出血而形成的囊肿。在手术过程中，即使是手术做得非常好，也有可能会残留子宫内膜活性细胞，则具有活性的子宫内膜细胞又会随着子宫内膜而周期性的出血，然后导致巧克力囊肿的复发。所以，巧克力囊肿有可能根治，但是，绝大部分是会复发的。