先天性的癫痫治疗，首先要做脑电图检查、化验血、头颅磁共振，还有基因的检查等。通过检查确定引起先天性癫痫的病因和发作类型，给予选用合适的抗癫痫药物进行治疗。
有一部分先天性癫痫大概有30%属于难治性，还会伴有全身其它脏器的发育异常。这种情况以对症治疗为主，通过药物治疗以后控制不佳，再用一些神经调控的方法进行治疗。这也可以通过手术的方法进行治疗，通过评估来确定手术方案，给予姑息的方法减轻、减少癫痫发作。对于部分比较良性的先天性癫痫，可以通过药物治愈，一般治愈率较高，有70%以上。