小孩牙齿长两层的原因，具体如下：
1、生理现象：在原有牙列的颊侧、舌侧萌出多生牙后，可呈现双排牙齿的现象。
2、颌骨发育不充分：乳恒牙开始替换时，由于颌骨发育不充分，乳牙牙冠与恒牙牙冠宽度存在差异，会使恒牙暂时位于乳牙舌侧，形成双层牙齿。
3、饮食偏软：孩子喜欢吃质地偏软的食物，恒牙牙根得不到有效的咀嚼刺激，吸收速度较慢，使恒牙暴露在口腔黏膜时乳牙还不松动，从而形成双排牙齿。
4、口腔卫生差：孩子口腔卫生清洁较差，乳牙发生深龋而引起根尖周炎时，会与周围组织形成粘连，造成恒牙错位萌出。