卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。由于卵巢是最容易被子宫内膜侵犯的器官，所以大约80%累及一侧卵巢，50%累及双侧卵巢。
巧克力囊肿较大时在妇科检查时可以触摸到与子宫粘连的肿块，囊肿破裂时腹膜刺激征明显。患者可能有继发性的痛经，进行性加重，不孕或者是慢性盆腔痛。一般治疗卵巢巧克力囊肿，如果没有症状的患者，可以采用期待疗法。
如果症状比较轻，可以使用药物治疗，一般可以采用口服避孕药或者是口服孕激素。另外，可以使用孕激素受体拮抗剂，比如米非司酮，还可以使用孕三烯酮、达拉唑等药物。
另外，促性腺激素释放激动激素，也是治疗子宫内膜异位症的良药。如果药物治疗无效，患者症状比较明显，可以使用手术治疗，腹腔镜手术是首选的手术方法。