新生儿巨结肠应先进行非手术治疗或结肠造口手术，再行根治手术。先天性巨结肠手术治疗效果满意，为了减少先天性巨结肠的并发症，应该早期诊断，早期手术治疗，手术成功则不会影响患儿的自然寿命。
巨结肠又叫先天性巨结肠，由于结肠壁发生了神经节细胞的缺如，是一种先天结肠道发育的畸形，男性多于女性。临床表现为新生儿胎粪不排或排出延迟、顽固性的便秘、腹胀。可以引起一系列的并发症，主要发生在出生后的最初2个月，并发症主要有肠梗阻、小肠结肠炎、腹膜炎、肠穿孔，其中小肠结肠炎是最严重的并发症。先天性巨结肠的治疗办法以手术治疗为主，新生儿巨结肠应先进行非手术治疗，或结肠造口手术，再行根治手术。先天性巨结肠手术治疗效果满意，为了减少先天性巨结肠的并发症，应该早期诊断，早期手术治疗，手术成功不会影响患者的自然寿命。
患者先天性巨结肠的吻合术在肛门，非常靠近肛门，术后排便可能会污染手术伤口，术后护理主要是肛门护理，如果有粪便或污垢要及时清理。通过药物的烘干或坐浴、药物的栓剂等，保持肛门清洁、干燥，有利于吻合口的生长。