畸形性吞咽困难主要原因是胚胎发育畸形，有几种常见的畸形原因。迷走锁骨下动脉、右侧锁骨下动脉直接起自主动脉弓时，起自左锁骨下动脉开口的远端，走行在食管后面，到达右侧而压迫食管，也可以走行在气管和食管之间压迫食管。右位主动脉弓和左主动脉韧带。主动脉弓自右向上越过右主支气管，向后接于降主动脉。右位主动脉本身与肺动，脉动脉韧带共同形成一个血管环共同压迫气管和食管。双主动脉弓，深主动脉发出两个动脉弓一支在气管前，另一支在食管后面，两支重新结合成降主动脉，形成一个动脉环将食管和气管包围其中，可伴有其它的先天性的心脏病，无名动脉或左颈总动脉位置异常，无名动脉的起始部位与气管的左侧，其走行通过气管的前方向右，使气管从前向后压迫食管，引起气管狭窄和食管的通过障碍。