卵巢畸胎瘤的治疗分为良性的和恶性的治疗，良性的畸胎瘤行单侧剔除术或者患侧的附件切除术。如果是双侧的，应行双侧的剔除术，绝经后的女性可以行全子宫及双侧的附件切除。
恶性的需要进行手术切除，行全面的分期手术，对年轻病例希望保留生育功能的，无论期别的早晚，只要对侧卵巢和子宫未被肿瘤浸润，均可保留生育功能。对复发者仍主张积极的手术，也可加用化学药物治疗，对其他的患者还需进行化疗。