近亲结婚，很有可能从夫妻他们共同的祖先那里获得同一种基因，并且将这种基因传递给子女。如果基因按照常染色体隐性遗传的方式，其子女就有可能是突变纯合子而发病。因此近亲结婚增加了某些常染色体隐性遗传疾病的发生风险。近亲婚配使子女中得到这样一对纯合或相同基因的概率增加。比如会出现一些遗传性的白化病、血友病以及先天性的智障都有可能。