甲状腺乳头状癌晚期的症状可以分为局部症状和远处转移症状。局部的症状主要是表现为肿块压迫周围组织、器官所产生的症状，比如压迫气管可以产生不同程度的呼吸障碍。如果侵犯气管时，可以造成呼吸困难以及咯血。如果压迫或者浸润食管可引起吞咽障碍。当侵犯喉反神经时，可以出现声音嘶哑。侵犯喉上神经时，可以出现饮水呛咳。交感神经受到压迫还可以引起Horner综合征。如果侵犯到颈丛会出现耳、枕、肩等处剧烈的疼痛。局部的淋巴结转移主要是表现为质地较硬，边界不清，部分还会出现融合。如果晚期转移到肺、骨、脑的脏器，还会出现相应的症状。比如肺部可以引起比较明显的呼吸困难以及呼吸道的咯血。如果侵入到骨，主要是表现为腰痛、肋痛以及四肢疼痛，严重的还会出现病理性的骨折。转移到脑，有可能形成脑疝，造成头痛、昏迷、意识障碍等。部分的患者还有类癌综合征，可以表现为腹泻、面部潮红、多汗等。